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Reino Unido - Mejora Genética

Los marcadores moleculares tipo SNP de baja densidad como oportunidad para la mejora genética en PYMEs de acuicultura

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Edimburgo 7/01/2020 - La mejora genética animal evalúa y utiliza la variación genética para mantener y mejorar cualitativamente y cuantitativamente la producción ganadera identificando características de importancia económica. Para ello se cuentan con herramientas de genética molecular y genómica que permiten predecir con mayor precisión los valores genéticos de los animales desde su nacimiento, disminuyendo el intervalo entre generaciones y aumentando la intensidad de selección.

Entre los marcadores moleculares destacan los tipo SNP basados en polimorfismos dados en el cambio de un solo nucleótido en la secuencia de DNA que ocurren frecuentemente en una población y que están caracterizados por tener tasas de mutación bajas. Para el estudio de marcadores moleculares tipo SNP de alta densidad se suelen usar chips genómicos (microarrays) capaces de identificar regiones del ADN que expliquen variaciones fenotípicas entre individuos y poblaciones.

Se trata de unas herramientas de gran utilidad en la mejora genética de acuicultura, pero que representan para una empresa de acuicultura de pequeño y mediano tamaño difícil de asumir.

Como alternativa están los paneles tipo SNP de baja densidad (que van de 100 a 9000 SNP) con los que también se pueden llegar a predecir con precisión valores de reproducción conjuntos de datos con determinadas características. En este caso este tipo de paneles pueden resultar una solución a un coste asequible para identificar con precisión valores genómicos deseables por la industria de la acuicultura como especies, tamaño del genoma, plataforma de fenotipado, número de familia y tamaño total de la población y rasgo objetivo.

Con objeto de poder establecer un método fiable y de bajo coste, científicos de la Universidad de Edimburgo observaron un patrón consistente de precisión de predicción genómica en todas las especies del estudio salmón, carpa, dorada y ostra, con poca o ninguna reducción hasta la densidad SNP de 1.000 se obtuvieron precisiones de heredabilidad y predicción genómica de 93 por ciento. Por debajo de esta densidad, es decir, con 500 SNP se logró un 89 por ciento; y con 100 SNP un 70 por ciento.

Los investigadores de la Universidad de Edimburgo ven respaldado su trabajo gracias a la existencia de una multitud de estudios resaltando los beneficios de los métodos de baja densidad y bajo coste para la aplicación de la mejora genética en pequeños ámbitos de la acuicultura.

Referencia:

Christina Kriaridou, Smaragda Tsairidou, Ross D. Houston, Diego Robledo. Genomic prediction using low density marker panels in aquaculture: performance across species, traits, and genotyping platforms. bioRxiv
https://doi.org/10.1101/869628

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