Investigadores del Instituto Earlham, Instituto Roslin y WorldFish liberan el genoma de calidad de la tilapia GIFT

Tilapias | Earlham Institute

Una colaboración entre el Instituto Earlham, el Instituto Roslin y WorldFish ha permitido la publicación del primer genoma de referencia completo y de alta calidad para una variedad mejorada genéticamente de la cepa de la tilapia GIFT (Genetically Improved Farmed Tilapia).

Hasta ahora el programa de mejora de tilapia GIFT ha estado liderado por la institución de investigación WorldFish (CGIAR), y ha dado lugar a una de las variedades elite que se encuentran hoy en día en producción y se distribuyen en todo el mundo. La mejora de esta elite de tilapia se logró mediante la cría selectiva sin un genoma de referencia completo.

Esta cepa de tilapia se utiliza ampliamente en países tropicales y subtropicales y está considerada una alternativa más sostenible al cultivo de tilapia convencional para reducir la desnutrición y el hambre.

El objetivo de esta colaboración es el de ofrecer la posibilidad de mejorar la seguridad alimentaria para miles de millones de personas de bajos recursos en el mundo.

Como han señalado estas instituciones, esta información es fundamental para los piscicultores de tilapia que buscan desarrollar variedades que crezcan más rápido y tengan una mayor resiliencia ante los desafíos ambientales del cambio climático.

Ahora, como ha señalado el doctor Wilfried Haerty, líder del grupo que ha trabajado en el genoma de la tilapia en el Instituto Earlham, este recurso es crucial para los programas de cría modernos que lidera WorldFish con la elite GILF y lo puede utilizar como “línea de base con la que trabajar cuando busque rasgos que beneficien la producción”.

En algunos países en vías de desarrollo la tilapia representa un recurso para obtener proteína de pescado y otros nutrientes y no es visto como un lujo.

Cada institución ha participado en una parte del proceso. Los investigadores del Earlham Instituto y del Roslin Institute generaron el genoma de referencia de alta calidad y casi completo, mientras que los expertos de WorldFish han proporcionado los tejidos.

En el Earlham Institute, utilizando una combinación de técnicas de secuenciación del lectura corta y larga se ha creado el ensamblaje del genoma de la cepa de tilapia GIFT a nivel de cromosoma, que fue apoyado por un mapa de enlace desarrollado por el Roslin Institute, basado en el trabajo de WorldFish para desarrollar un chip SNP. Finalmente, el Grupo Swarbreck del Earlham Institute desarrolló un “enfoque de vanguardia” publicó el genoma.

Encontraron más de 11 millones de bases de material genómico de O. mossambicus dentro del genoma GIFT, incluyendo genes asociados con la inmunidad y la tasa de crecimiento. El descubrimiento ayudará a guiar los programas de cría futuros y mejorar la comprensión de los genes asociados con los rasgos beneficartados en las especies de peces cultivadas.

"Hemos generado un ensamblaje a nivel de cromosoma de la cepa GIFT", explica el Dr. Haerty, "caracterizando sus orígenes mixtos y las contribuciones potenciales de las regiones introgresadas a los rasgos seleccionados. Esto brinda a los criadores la información que necesitan para desarrollar nuevos programas con confianza".