La publicación del genoma de la dorada (Sparus aurata) por parte del CSIC refleja una gran plasticidad y adaptabilidad al medio

Dorada (Sparus aurata)

Castellón 20/12/2019 – Investigadores del Consejo Superior de Investigaciones Científicas (CSIC) han logrado secuenciar el genoma de la dorada (Sparus aurata), una de las grandes especies de la acuicultura Mediterránea que faltaba por descifrar su código genético, pues ya se había hecho años atrás con la lubina (Dicentrarchus labrax) y el rodaballo (Psetta máxima).

En el proceso, han participado durante los últimos cuatro años investigadores del Grupo de Nutrigenómica y Patología de Peces del Instituto Torre de la Sal del CSIC (IATS-CSIC) en colaboración con la empresa Biotechvana SL y el Centro de Regulación Genómica de Barcelona.

El avance, según señala el CSIC, ha sido publicado en la revista Frontiers in Marine Science, y permitirá seguir avanzando en la domesticación de la especie y su mejora genética para producir peces de manera más sostenible y mejor adaptados a las condiciones de cultivo.

La dorada es una especie protrándica que nace como macho y posteriormente, aproximadamente a los dos años de edad (según las condiciones de cultivo), revierte su sexo para hembra. Además, es euroalina y omnívora, lo que le permite vivir en diversas condiciones de salinidad, temperatura, oxígeno y composición de alimento.

Jaume Pérez Sánchez, coordinador proyecto /@misPeces

Según ha explicado al respecto Jaume Pérez-Sánchez, líder del proyecto del CSIC, la estrategia de secuenciación masiva y de ensamblaje ha permitido obtener la versión más completa hasta la fecha de la secuencia del genoma de esta especie. “Hemos secuenciado y ensamblado más de 1.250 millones de pares de bases, de un total estimado de 1.600 millones”.

Por su parte, según explica Carlos Llorens, responsable de Biotechvana, se trata de un tamaño considerablemente mayor de lo encontrado en otras especies de peces de interés en acuicultura, como la lubina y el rodaballo. Se han identificado más de 55.000 genes que se expresan de forma activa, aunque lo más destacable es que más de la mitad de ellos, el 55 por ciento, presentan múltiples copias, “muchas de ellas generadas por elementos genéticos móviles”.

El investigador del CRG, Toni Gabaldón, destaca que “gran parte de estas multiplicaciones no se corresponden con los sucesos evolutivos de duplicación ya conocidos en peces, sino que son propias de esta especie y por tanto recientes en términos evolutivos”. Además, añade, se ha comprobado que muchos de los genes duplicados están implicados en la respuesta a cambios en el medio, como la respuesta inmunitaria o sensorial, así como en la transposición genómica.

Finalmente, comenta Ariadna Sitjà-Bobadilla, Investigadora del grupo de Patología del IATS, es de esperar que esta multiplicación de la maquinaria molecular mejore la capacidad de domesticación y de adaptación de la especie en un contexto hostil o de cambio global, “que requiere respuestas rápidas y apropiadas en sistemas de cultivo intensivo con una alta carga de patógenos”.

La dorada es un modelo excelente para comprender los procesos que producen la expansión reciente del genoma en vertebrados superiores y las consecuencias que tiene sobre la plasticidad fenotípica de la especie. Como prueba de ello, engordes llevados a cabo en el IATS demuestran que el metabolismo de un carnívoro como el de la dorada es tan dúctil como para producir doradas de un 1 kg con tan sólo 1,2 Kg de pienso, usando dietas basadas en proteínas y aceites vegetales.

De interés científico

Los investigadores han puesto a disposición pública y de la comunidad científica un visualizador del nuevo genoma de la dorada

Referencia:
Jaume Pérez-Sánchez, Fernando Naya-Català, Beatriz Soriano, M. Carla Piazzon, Ahmed Hafez, Toni Gabaldón, Carlos Llorens, Ariadna Sitjà-Bobadilla y Josep A. Calduch-Giner. Genome Sequencing and Transcriptome Analysis Reveal Recent Species-Specific Gene Duplications in the Plastic Gilthead Sea Bream (Sparus aurata). Frontiers in Marine Science. https://doi.org/10.3389/fmars.2019.00760