Publican una matriz de acceso abierto de polimorfismos genéticos en tilapia para beneficio de la comunidad mundial

La organización internacional de investigación sin ánimo de lucro WorldFish, que lucha para reducir el hambre y la pobreza a través de la pesca y de la acuicultura, ha publicado en el marco del Programa CGIAR sobre Sistemas Agroalimentarios Pesqueros (FISH) el desarrollo y validación de una matriz SNP (Polimorfismos Nucleótidos Simples) de acceso abierto para la tilapia del Nilo (Oreochromis niloticus), una de las especies más importantes en el mundo y fundamental para la seguridad alimentaria en muchos países en desarrollo.

Además de especialistas del WorldFish está matriz de acceso abierto ha sido desarrollada por investigadores del Real Instituto Roslin de la Universidad de Edimburgo y del Colegio Universitario de Cork. Su publicación se ha realizado en la revista Genes, Genomes, Genetics.

Las matrices de Polimorfismos Nucleótidos Simples son variaciones en la secuencia del ADN, mutaciones, que se asocian a un fenotipo dado y permiten a los investigadores extraer información útil. En acuicultura estas mutaciones sirven para destacar y reproducir individuos con rasgos de crecimiento y rendimiento productivo económicamente importantes, o resistentes a determinadas enfermedades.

Un ejemplo de la utilidad de los estudios genómicos para erradicar enfermedades emergentes la tenemos en la estrategia que están siguiendo los mismos investigadores con en el virus de la tilapia del lago (TiLV). En esta ocasión los investigadores han podido encontrar una mutación genética heredable que hace a los peces resistentes a la enfermedad, por lo que es posible desarrollar líneas de tilapia más resistentes y, además, es independiente al crecimiento de los peces.

Comparado con otros métodos de genotipado de alto rendimiento, las matrices SNP tienen como ventaja una mayor precisión en el proceso de determinación del genotipo y estabilidad de los polimorfismos.

Existen varias cepas de tilapia del Nilo mejoradas genéticamente, la más icónica es la que se ha denominado GIFT (Genetically Improved Tilapia), y los programas de reproducción suelen seguir la selección clásica basada en el pedigrí. En cinco generaciones de la línea GIFT la ganancia genética acumulativa es del 67 por ciento para el peso del cuerpo, comparado con una población base.

El uso de marcadores genéticos en el genoma, cuya herencia genética se puede rastrear sirve, para estimar los valores de crianza con potencial para incrementar la ganancia genética, particularmente para rasgos que son difíciles o caros de medir directamente.

En el marco del programa CGIAR los investigadores diseñaron una matriz de SNP de 65k en función de las mutaciones descubiertas a partir de los datos de la secuencia del genoma completo de una población de núcleos reproductores GIFT y la superposición con los conjuntos de datos SNP de las poblaciones de peces silvestres y varias cepas de tilapia del Nilo de crianza.

Los investigadores anticipan que esta matriz será una herramienta habilitadora para la genética de poblaciones y la investigación de cría de tilapia, facilitando la coherencia y la comparación de resultados entre los estudios.

La matriz se aplicó para distinguir claramente entre diferentes poblaciones de tilapia de Asia y África, con al menos, 30.000 polimorfismos segregando en cada una de las diversas muestras de población analizada.

A través de esta plataforma de acceso abierto los investigadores esperan beneficiar a las comunidades académicas y comerciales para avanzar en los estudios genómicos en tilapia y apoyar los programas de reproducción y mejora genética en curso, y los que están por llegar.

Referencia:
Carolina Peñaloza, Diego Robledo, Agustín Barría, Trong Quõc Trinh, Mahirah Mahmuddin, Pamela Wiener, John A. H. Benzie, Ross D. Houston. Development and validation of an Open Access SNP array for Nile tilapia (Oreochromis niloticus). G3: Genes, Genomes, Genetics. https://doi.org/10.1534/g3.120.401343