Investigadores publican investigación que identifican los transcriptomas de dos especies importantes de lenguado

El Puerto de Santa María 25/11/2014 - Investigadores españoles dentro de un consorcio internacional han publicado recientemente en la revista BMC Genomics los resultados de una investigación con lenguado senegalés (Solea senegalensis) y lenguado común (Solea solea) por la que se identifican transcriptomas y marcadores moleculares de importancia para futuros estudios genómicos de estos peces planos de interés comercial.

Al respecto del mismo, y según indican en el citado artículo, aunque algunos recursos genómicos y herramientas han sido descritos recientemente en estas especies, “son necesarios nuevos esfuerzos de secuenciación para establecer un transcriptoma completo, para identificar nuevos marcadores moleculares para la mejora de la producción de estas especies”. Por otra parte, añaden, “el análisis comparativo de transcriptomas sería útil para entender la evolución de los peces planos”.

Esta caracterización y anotación funcional se ha realizado a partir de un “ensamblaje de novo”, el cual crea un transcriptoma sin ayuda del genoma de referencia de la especie. Los resultados han sido integrados en la base de datos SoleaDB y a partir de los cuales se ha diseñado una herramienta microarray para estudios funcionales.

“Los transcriptomas y los marcadores moleculares identificados en este estudio representan una fuente valiosa de información para futuros estudios en estas especies de importancia económica”, añaden.

El análisis de secuencias homólogas proporciona además “nuevas pistas sobre la evolución del genoma único que indica una evolución divergente en lo genes relacionados con la visión de peces planos. El diseño de un microrray y el establecimiento de un transcriptoma de referencia será útil para estudios de expresión génica a gran escala”.

Al respecto, el investigador de referencia para esta publicación, Manuel Manchado, del IFAPA Centro El Toruño ha indicado que “la integración de datos de transcriptómica en el SoleaDB facilitará la gestión de la información genómica en estas importantes especies”.

Cabe destacar que SoleaDB es una base de datos que integra los recursos genómicos generados en Aquagenet para el lenguado senegalensis y el lenguado común. El proyecto estuvo liderado y coordinado por IFAPA y también participaron la Universidad de Cádiz, la Universidad de Málaga y la Universidad de Barcelona como grupos españoles.

SoleaDB incluye un ensamblaje global del transcriptoma de cada especie de lenguado con toda la información genómica generada en los diferentes análisis y estudios realizados en el proyecto.

De novo assembly, characterization and functional annotation of Senegalese sole (Solea senegalensis) and common sole (Solea solea) transcriptomes: integration in a database and design of a microarray.

Hicham Benzekri, Paula Armesto, Xavier Cousin, Mireia Rovira, Diego Crespo, Manuel Alejandro Merlo, David Mazurais, Rocío Bautista, Darío Guerrero-Fernández, Noe Fernandez-Pozo, Marian Ponce, Carlos Infante, Jose Luis Zambonino, Sabine Nidelet, Marta Gut, Laureana Rebordinos, Josep V Planas, Marie-Laure Bégout, M Gonzalo Claros and Manuel Manchado.