Aplicaciones de la metagenómica como herramienta para el estudio de los microorganismos en acuicultura

México 20/09/2017 – La metagenómica, es la parte de la genómica que estudia el ADN global de una comunidad de microorganismos. Se trata de una práctica que está tomando una gran popularidad en la última década como herramienta científica prometedora aunque todavía está subutilizada en acuicultura considerando el vasto universo de aplicaciones potenciales de esta disciplina.

El estudio de las comunidades microbianas en acuicultura está todavía en una fase inicial de desarrollo, sin embargo, un conocimiento de estas comunidades puede servir para desarrollar herramientas en los sistemas de recirculación, o la novedosa tecnología de cultivo con bioflocs, por servir como centinelas o biomarcadores del estado de la producción.

El empleo de bioflocs permite una mayor productividad en los cultivos de peces y crustáceos o la mejor situación profiláctica de estos cuando estos cuando se combinan con pienso formulado, no solo por el aporte de proteínas, sino también de vitaminas y lípidos.

Sin embargo, y a pesar de esta importancia, la caracterización de estos microbios que forman los bioflocs no incluyen enfoques metagenómicos, subestimando así los grupos no cultivables y otros grupos pequeños de bacterias. Es por ello que los investigadores proponen mayores estudios.

Otro empleo del conocimiento de la metagenómica puede encontrarse en la caracterización de comunidades microbianas con efectos probióticos que, cuando son consumidos en la cantidad adecuada, pueden contribuir a la salud de los peces y crustáceos.

El agua de una granja de acuicultura, por sus características como medio artificial con alta carga en materia orgánica, metabolitos nitrogenados y fosforados, favorece la proliferación de microorganismos en una instalación de acuicultura es mas alta que en el medio oceánico. Esto hace pensar que la diversidad de ADN microbiano dentro de las instalaciones acuícolas podría ser mayor, e incluso identificativa de cada una de ellas.

En su revisión, los investigadores mexicanos del Departamento de Tecnología de Alimentos de Origen Animal del Centro de Investigación en Alimentación y Desarrollo han analizado usos potenciales de la metagenómica en acuicultura, con objeto de resaltar la diversidad microbiana y la dinámica de los sistemas de cultivo.

Además, en la citada revisión se abordan aspectos como la diversidad microbiana, papeles microbianos en microcosmos, genes de resistencia a antibióticos, patógenos nuevos y potenciales, comunidades microbianas que forman bioflocs, probióticos y otras aplicaciones.


Referencia:
Microbial metagenomics in aquaculture: a potential tool for a deeper insight into the activity
Martínez-Porchas M, Vargas-Albores F
Reviews in Aquaculture, vol. 9, issue 1 (2017) pp. 42-56 Published by Wiley -Blackwell

http://onlinelibrary.wiley.com/doi/10.1111/raq.12102/full