Investigadores actualizan el repositorio de diatomeas Diat.barcode

Tarragona 8/11/2019 – Investigadores de seis instituciones europeas han actualizado el repositorio abierto de código de barras genético Diat.Barcode usado para la identificación de diatomeas, unas microalgas caracterizadas por contar con un exoesqueleto silíceo, que habitan aguas marinas y continentales.

Tradicionalmente las diatomeas se identifican utilizando características de su morfología del exoesqueleto. Diat.Barcode ha venido a ser desde 2012 una alternativa a este método tradicional, además, el uso de la secuenciación de alto rendimiento permite el análisis rápido de muchas muestras ambientales a un menor costo que los análisis al microscopio.

Este repositorio se ha venido nutriendo de la base de datos de nucleótidos NCBI y datos de secuenciación no publicados de colecciones de cultivos. Desde 2017, varios expertos han venido colaborando para seleccionar esta biblioteca para rbcL, un marcador de cloroplasto adecuado para la identificación de diatomeas a nivel de especie.

En la última versión de la base de datos (versión 7), se han modificado 605 de los 3.482 nombres taxonómicos originales.

Referencia:

Frédéric Rimet, Evgenuy Gusev, Maria Kahlert, Martyn G. Kelly, Maxim Kulikovskiy, Yevhen Maltsev, David G. Mann, Martin Pfannkuchen, Rosa Trobajo, Vaelntin Vasselon, Jonas Zimmermann y Agnès Bouchez. Diat.barcode, an open-access curated barcode library for diatoms. Scientific Reports (Open access) https://doi.org/10.1038/s41598-019-51500-6