Investigadores de la Universidad de Edimburgo desarrollan un método de bajo coste para monitorización ambiental en acuicultura

Edimburgo (Reino Unido) 12/12/2018 – Las herramientas de monitoreo ambiental como el metabarcoding del ADN (eDNA) se han mostrado como una solución eficaz de bajo coste para la detección precisa y rentable de patógenos con una importante aplicación en el ámbito de la acuicultura.

Investigadores de la Universidad de Edimburgo vienen trabajando en el desarrollo de herramientas basadas en esta tecnología para su aplicación en el cultivo de salmón Atlántico con objeto de detectar la presencia y abundancia de patógenos y otras amenazas biológicas en el medio ambiente circundante.

Sin embargo, como explican en un estudio publicado en Frontiers in Microbiology bajo el titulo “Environmental DNA: A new low-cost monitoring tool for pathogens in salmonid aquaculture”, para que el eDNA se convierta en una herramienta útil de biomonitoreo es necesario validar que los conjuntos de datos de secuencia derivados de la amplificación de marcadores metabarcoding reflejen la verdadera identidad de la especies; que se pruebe la sensibilidad bajo diferentes niveles de abundancia y ruido ambiental; y se establezca un método de secuenciación de bajo coste para permitir el procesamiento masivo de muestras de campo.

En el estudio, tal y como explican, se han empleado un diseño experimental mediante el cual se han cruzado diferentes combinaciones de cinco agentes biológicos en tres niveles de abundancia.

Para ello, se ha diseñado la secuenciación de Ion Torrent de bajo coste en sustitución de Illumina cuya fiabilidad está comprobada aunque tiene unos costes más elevados.

Como resultado, los investigadores consideran posible identificar dos parásitos que afectan al salmón de cultivo, el Lepeophtheirus salmonis y Paramoeba perurans. También consideran identificable las microalgas Prymnesium parvum, Pseudo-nitzschia seriata y P. delicatissima podrían ser asignadas correctamente.

En este sentido, los investigadores consideran probado que el metabarcoding de eDNA ofrece un significativo potencial para el monitoreo de especies patógenas en acuicultura, siendo la secuenciación de Ion Torrent de bajo coste tan precisa como Illumina para determinar las diferencias en abundancia relativa entre muestras.

Referencia:
Lucy Peters, Sofie Spatharis, Maria Augusta Dario, Toni Dwyer, Inaki J. T. Roca, Anna Kintner, Øyvind Kanstad-Hanssen, Martin S. Llewellyn, Kim Praebel. Environmental DNA: A New Low-Cost Monitoring Tool for Pathogens in Salmonid Aquaculture. Frontiers in Microbiology. https://doi.org/10.3389/fmicb.2018.03009