Investigadores desarrollan el primer borrador del genoma del bagre rayado (panga)

Japón 29/10/2018 – Un grupo de científicos del Instituto de Ciencia y Tecnología de Okinawa, una escuela de postgrado interdisciplinaria con programas de doctorado de cinco años, ha logrado por primera vez desencriptar el genoma completo del bagre rayado (Pangasianodon hypophthalmus), un pangasio que crece en el río Mekong, que atraviesa Vietnam.

Este avance, como señalan los científicos, puede mejorar la reproducción de esta especie comercial de interés en Vietnam, país que produce 1,1 millones de TM al año.

Los científicos del Instituto de postgrado de la Universidad de Okinawa se han unido a investigadores de la Academia de Ciencias y Tecnología de Vietnam para descifrar todo el genoma. El trabajo ha sido publicado en BMC Genomics bajo el título “A draft genome of the striped catfish, Pangasianodon hypophthalmus, for comparative analysis of genes relevant to development and a resource for aquaculture improvement”.

Este avance revela nuevo detalles sobre el linaje evolutivo de la especie y los genes que pueden ser clave para un desarrollo saludable.

Ahora, con este borrador del genoma, se puede relacionar la resistencia de un individuo con la enfermedad, indicó al respecto Eiichi Shoguchi uno de los coautores de la investigación.

Usando técnicas de secuenciación de próxima generación, los investigadores reunieron datos genómicos de alta calidad para ensamblarlos en un genoma completo. Los investigadores han encontrado diferencias distintivas entre el bagre asiático y el americano, y diferencias adicionales entre el asiático y el pez cebra, este último que es empleado como organismo modelo que está estrechamente relacionado con los bagres.

En particular, según señalan los investigadores, identificaron la pérdida de dos genes en el bagre rayado que permanecen intactos en el pez cebra y permiten que la especie produzca su propio “protector solar”. Los bagres se alimentan del fondo del río, donde no alcanzan los rayos UV y, probáblemente no requieren de esta protección. Además, el bagre rayado tiene más genes de factores de crecimiento similares a la insulina que el pez cebra, lo que puede ser clave para su crecimiento y desarrollo saludables.

Usando datos del bagre de canal, los científicos elaboraron un mapa hipotético de cromosomas de bagre rayado, el andamio en forma de hilo donde se encuentran los genes de los peces. El mapa señala el camino a futuras investigaciones comparando las especies, rastreando su linaje e investigando su función genética. Tanto los biólogos evolutivos como los acuicultores pueden aprender del genoma del bagre rayado, ahora que ha sido descifrado.

En este sentido, Oahn TP Kim, jefe de laboratorio del Instituto de Investigación del Genoma en la Academia de Vietnam, y co-autor del estudio, indicó que la información del genoma del bagre rayado permitirá “desarrollar marcadores moleculares para posteriormente aplicarlos en la selección asistida para mejorar rasgos de importancia económica en la acuicultura de la especie”.

Referencia:
Oanh T. P. Kim, Phuong T. Nguyen, Eiichi Shoguchi, Kanako Hisata, Thuy T. B. Vo, Jun Inoue, Chuya Shinzato, Binh T. N. Le, Koki Nishitsuji, Miyuki Kanda, Vu H. Nguyen, Hai V. Nong, Noriyuki Satohcorresponding. A draft genome of the striped catfish, Pangasianodon hypophthalmus, for comparative analysis of genes relevant to development and a resource for aquaculture improvement. BMC Genomics.

https://bmcgenomics.biomedcentral.com/articles/10.1186/s12864-018-5079-x