Investigadores estonios ensamblan el genoma de la perca de río

Estonia 6/11/2018 - Investigadores de la Universidad de Ciencias de la Vida de Estonia en colaboración con científicos de la Universidad de Turku han ensamblado el genoma de la perca de río (Perca fluviatilis). El genoma contiene alrededor de mil millones de nucleótidos y más de 23.000 genes, y a pesar de ello, es tres veces más pequeño que el humano. Este avance permitirá a los científicos una mejor comprensión de la selección natural del genoma.

La perca es una especie común en ríos de Eurasia, con un hábitat que abarca desde las islas británicas hasta el lejano oriente ruso. Este amplio hábitat permite a esta especie reproducirse y vivir en condiciones extremas. Desde lagos oligotróficos hasta aguas salobres del mar Báltico. Ahora la labor de los investigadores será la de descifrar qué mecanismos permiten a estos peces a vivir en condiciones tan variadas.

A nivel ecológico, la perca tiene una importante función en los lagos, ya que se les atribuye un importante papel en el ciclo del metano en los lagos, por ser en ocasiones, la única especie capaz de sobrevivir. Además, es una especie explotada comercialmente y apreciada por los pescadores deportivos, y en varios países europeos se cultiva en acuicultura.

El avance del ensamblaje ha sido publicado bajo el título “Highly Continuous Genome Assembly of Eurasian Perch (Perca fluviatilis) Using Linked-Read Sequencing” en la revista G3: Genes, Genomes, Genetics.

Con respecto al ensamblaje del genoma, el investigador principal, Anti Vasemägi, en la Universidad de Ciencias de la Vida de Estonia y profesor de la Universidad Sueca de Ciencias Agrícolas, ha explicado que se trata de un importante hito comparado con las especies estudiadas anteriormente, "ya que utilizamos una metodología innovadora basado en el marcado de moléculas de ADN largas y en la determinación de la secuencia de las cortas".

Ahora con la secuenciación del genoma de la perca, según explicó Riho Gross, presidente de la Cátedra de Acuicultura de la Universidad estonia, se podrán mapear las regiones del genoma que afecta la tasa de crecimiento de los peces, el momento de alcanzar la madurez sexual, la resistencia a las enfermedades y otras características acuícolas importantes". Además, simplificará estudios similares que se vienen realizando en América del Norte con la perca amarilla (Perca flevescens) y es el primer paso para la comprensión de qué mecanismos evolutivos han hecho de estos peces los más exitosos y extendidos en Eurasia.

Referencia:

Mikhail Yu. Ozerov, Freed Ahmad, Riho Gross, Lilian Pukk, Siim Kahar, Veljo Kisand and Anti Vasemägi. Highly Continuous Genome Assembly of Eurasian Perch (Perca fluviatilis) Using Linked-Read Sequencing. G3. Genes, Genomes, Genetics. https://doi.org/10.1534/g3.118.200768