Investigadores portugueses publican el genoma de la sardina europea por partida doble

Matosinhos (Portugal) 15/10/2018 – Equipos internacionales de investigadores, liderados por centros de investigación en Portugal, han publicado recientemente datos del borrador del genoma de la sardina europea (Sardina pilchardus). Uno de estos equipos de científicos son los pertenecientes al centro de Ciencias del Mar (CCMar) y CIBIO (Centro de Investigación en Biodiversidad y Recursos Genéticos) han decodificado y publicado el genoma de la sardina en el marco del proyecto Genoma Sardina.

La información obtenida ha sido publicada y puesta a disposición pública para le mejor interés de las partes interesadas y la comunidad científica.

En este sentido, el investigador, Gianluca de Moro, investigador de CCMar y uno de los autores del estudio, indicó que “la sardina es un recurso que ha sido objeto de restricciones de pesca importantes y necesarias para salvaguardar su sostenibilidad y conservación.

De otra parte, y de forma paralela, otro equipo internacional de científicos, coordinados por el Centro Interdisciplinar de Investigación Marina y Ambiental de CIIMAR, de la Universidad de Oporto, han publicado recientemente también un borrador del ensamblaje del genoma, el transcriptoma hepático y la nutrigenómica de la sardina europea (Sardina pilchardus), bajo el título “Fuera de la lata”, una herramienta que servirá para proteger la especie de la extinción.

Este avance, que ha sido publicado en la revista Genes, espera servir para mejorar las posibilidades de cultivo de la especie, ya que, hasta ahora se tienen pocos conocimientos sobre sus requisitos fisiológicos y ecológicos.

En este sentido, según indicaron, hemos generado 69 Gbp de lecturas de extremos emparejados utilizando Illumina HiSeq X Ten y ensamblamos un borrador del ensamblaje del genoma con una longitud de andamio N50 de 25.579 pb y una terminación BUSCO de 82,1 por ciento. El tamaño estimado del genoma oscila entre 655 y 850 Mb. Además, añaden los investigadores, “generamos un transcriptoma hepático de nivel relativamente alto.

Nuestra investigación, señalan, “proporciona le primer conjunto de datos ómicos de una valiosa especie de teleósteo marino económico, la sardina europea, que representa un recurso esencial para su conservación, gestión y explotación sostenible eficaz”.

Referencias bibliográficas:

André M. Machado, Ole K. Tørresen, Naoki Kabeya, Alvarina Couto, Bent Petersen, Mónica Felício, Paula F. Campos, Elza Fonseca, Narcisa Bandarra, Mónica Lopes-Marques, Renato Ferraz, Raquel Ruivo, Miguel M. Fonseca, Sissel Jentoft, Óscar Monroig , Rute R. da Fonseca y L. Filipe C. Castro. “Out of the Can”: A Draft Genome Assembly, Liver Transcriptome, and Nutrigenomics of the European Sardine, Sardina pilchardus. (texto complete) https://www.mdpi.com/2073-4425/9/10/485/htm

Ir al genoma de la sardina puede descargarse de la base de datos ORCAE
http://bioinformatics.psb.ugent.be/orcae/overview/Spil