Un consorzio europeo ha sviluppato un array SNP a doppia specie per la vongola filippina (Ruditapes phillipinarum) e la vongola verace europea (Ruditapes decussatus), uno strumento genomico che potrebbe sostenere i progressi nel miglioramento genetico, nella conservazione e nella tracciabilità di due tra i bivalvi più rilevanti per l’acquacoltura e la raccolta professionale.
Il lavoro, pubblicato sulla rivista Aquaculture, è stato realizzato dall’Università di Padova (Italia), l’Università di Santiago de Compostela (Spagna), CIIMAR (Portogallo), The Roslin Institute dell’Università di Edimburgo (Regno Unito), l’Istituto Tecnico dell’Università de Brest-Morlaix (Francia), Benchmark Genetics (Norvegia) e Thermo Fisher Scientific (USA).
L’array SNP da 63K comprende 49.392 marcatori per la vongola filippina e 14.193 per la vongola verace europea. L’obiettivo è fornire una piattaforma comune per studi di genetica delle popolazioni, ricostruzione della parentela, programmi di miglioramento genetico, monitoraggio della diversità genetica e gestione delle risorse selvatiche.
L’importanza del risultato non risiede solo nella tecnologia, ma nel vuoto che contribuisce a colmare. A differenza di specie acquicole più industrializzate, la produzione europea di vongole resta fortemente dipendente dalla disponibilità di seme naturale, dalla pressione sulle popolazioni selvatiche, dalle traslocazioni e dalla difficoltà di controllare con precisione l’origine genetica degli stock.
In questo contesto, disporre di una piattaforma standardizzata di genotipizzazione potrebbe consentire un cambio di scala: passare da una gestione basata principalmente sulla risorsa disponibile a un approccio più tracciabile, comparabile e orientato al lungo periodo nella gestione genetica.
La vongola filippina, originaria dell’Indo-Pacifico e introdotta in Europa negli anni Settanta, si è diffusa grazie alla rapida crescita e alla maggiore tolleranza ambientale.
La vongola verace europea, autoctona delle aree mediterranee e atlantiche europee, conserva un elevato valore commerciale, ma le sue popolazioni hanno subito un forte declino negli ultimi decenni.
Cosa offre il nuovo chip SNP
Per sviluppare l’array, i ricercatori hanno utilizzato risorse genomiche provenienti da popolazione selvatiche e da incubatoi di diversi Paesi europei.
Il disegno ha combinato un nuovo genoma di riferimento a livello cromosomico per la vongola filippina con dati genomici precedenti e nuove sequenze per la vongola verace europea.
Dopo aver analizzato oltre 300 milioni di varianti genetiche, il team ha selezionato un insieme di marcatori distribuiti lungo i genomi di entrambe le specie.
La successiva validazione ha mostrato buone prestazioni di genotipizzazione, con marcatori informativi, bassi livelli di dati mancanti e una copertura genomica sufficiente per applicazioni di genetica delle popolazioni e programmi di miglioramento genetico.
Il pannello offre una risoluzione più elevata nella vongola filippina, aspetto che potrebbe renderlo particolarmente utile per analisi ad alta risoluzione, come studi di associazione genomica o predizione genomica, a condizione che vengano sviluppate popolazioni di riferimento adeguate.
Nella vongola verace europea, la minore densità dei marcatori orienta invece il pannello soprattutto verso studi di struttura delle popolazioni, analisi della diversità genetica e applicazioni a risoluzione intermedia.
Uno dei risultati più rilevanti dal punto di vista applicativo è la capacità del chip di ricostruire la parentela nella vongola filippina.
Nei sistemi di incubatoio e nei programmi di miglioramento genetico, questa funzione è fondamentale per controllare la consanguineità, organizzare le famiglie, mantenere linee tracciabili e progettare schemi di selezione più efficaci.
Dalla genomica del salmone ai molluschi
La partecipazione di Benchmark Genetics aggiunge una dimensione industriale al lavoro. L’azienda ha contribuito al disegno, all’analisi bioinformatica e alla validazione dell’array, rafforzando l’idea che strumenti genomici già utilizzati in specie più tecnologicamente avanzate stiano iniziando a entrare anche nei molluschi di interesse commerciale.
Carolina Peñaloza, Head of Genotyping di Benchmark Genetics, sottolinea che questa risorsa apre nuove opportunità per accelerare il miglioramento genetico e sostenere la conservazione di popolazioni di valore.
Nei molluschi, dove esistono elevati livelli di variabilità genetica, frequenti difficoltà di genotipizzazione e una gestione storicamente più dipendente dalle popolazioni naturali, l’accesso a piattaforme standardizzate può risultare particolarmente importante.
Uno strumento abilitante, non una soluzione immediata
Il chip non produce miglioramenti immediati nella produzione, ma fornisce una base per programmi di selezione, tracciabilità e conservazione.
Può essere applicato negli incubatoi, nelle aree produttive e nei programmi pubblici di gestione genetica, e potrebbe anche contribuire a identificare stock più resilienti di fronte al cambiamento climatico, se verranno sviluppati ulteriori studi.
Il suo vero valore dipenderà dall’adozione da parte del settore e dalla capacità di rispondere a sfide concrete: selezionare famiglie più produttive o resistenti, controllare la consanguineità, differenziare le popolazioni e migliorare la tracciabilità del seme.
Più che una soluzione finale, l’array SNP è uno strumento abilitante. Il suo impatto dipenderà dalla capacità di tradurre l’informazione genetica in decisioni pratiche di gestione, selezione e conservazione.
Riferimento scientifico
Gallo, M., Babbucci, M., Fernández Boo, S., Bean, T., Dalla Rovere, G., Smits, M., Peñaloza, C., Houston, R., Woolley, S., Cicala, F., Franch, R., Ferraresso, S., Nai, I., Patarnello, T., Omole, A. E., Blanco, A., Sambade, I., Martínez, P., Bargelloni, L., Milan, M. & Peruzza, L. (2026). A dual-clam species 63K SNP array for sustainable production and conservation of wild resources. Aquaculture, 625, 744323. https://doi.org/10.1016/j.aquaculture.2026.744323
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