Il monitoraggio della diversità genetica nei riproduttori rimane una sfida persistente per gran parte dell’acquacoltura mediterranea. Un recente studio pubblicato su Aquaculture propone un cambio di approccio: utilizzare il DNA ambientale (eDNA) insieme al sequenziamento dell’intero genoma per stimare la consanguineità nell’orata (Sparus aurata) senza manipolare i pesci.
Il lavoro, guidato dall’Università di Bologna e dal CREA, dimostra per la prima volta che l’eDNA può catturare informazioni genomiche a livello di popolazione comparabili a quelle ottenute dai campioni di tessuto, validando il suo potenziale come strumento di monitoraggio genetico.
L’esperimento, condotto in un sistema RAS con 245 riproduttori distribuiti in quattro vasche, ha confrontato direttamente il sequenziamento dell’intero genoma da tessuto e da campioni d’acqua.
I risultati mostrano un’elevate concordanza: dopo aver corretto per la profondità di sequenziamento, le differenze nell’eterozigosi sono risultate minime (ΔFIS ≤ 0,01) e la differenziazione genetica tra le vasche praticamente nulla, indicando che l’eDNA riproduce in modo affidabile la struttura genetica dello stock.
Lo studio evidenzia inoltre il filtraggio come fattore chiave per questa applicazione. I filtri da 5 μm catturano una maggiore quantità di DNA di orata trattenendo cellule e frammenti cellulari, mentre quelli più fini concentrano DNA batterico, influenzando direttamente la qualità dei datti.
Oltre alla precisione, l’approccio offre vantaggi evidenti: è non invasivo, riduce il carico operativo e consente di ottenere informazioni aggiuntive sull’ambiente biologico del biologico del sistema.
Tuttavia, è ancora lontano da un’applicazione commerciale a causa dei costi del sequenziamento genomico completo, della necessità di analisi bioinformatiche avanzate e della validazione limitata a condizione controllate.
I risultati segnano un punto di svolta concettuale. L’eDNA non è più solo uno strumento ecologico, ma inizia a delinearsi come un potenziale strumento di gestione produttiva, con la capacità di trasformare il monitoraggio genetico in acquacoltura.
Riferimento:
Bertolini, F., Taurisano, V., Bovo, S., Vegni, J., Napolitano, R., Martinoli, M., Capoccioni, F., & Fontanesi, L. (2026).
Application of whole-eDNA sequencing for monitoring broodstock genetic diversity in breeding groups of gilthead seabream (Sparus aurata). Aquaculture, 621, 743980. https://doi.org/10.1016/j.aquaculture.2026.743980
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