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Mundial - Genómica especiales genetica

Avances con un nuevo algoritmo en la secuenciación del genoma de la anguila europea

Holanda 1/02/2017 - Un grupo de investigación que forma parte de un consorcio europeo ha secuenciado el genoma de la anguila europea (Anguilla anguilla) utilizando el MinION de Oxford Nanopore, según informaron a través un artículo científico publicado en el servicio de distribución de archivos online bioRxiv.

La secuenciación ha sido realizada en colaboración con la empresa ZF-screens B.V., según informa al respecto Hans Jansen. A través de esta tecnología se ha aplicado a un genoma de 860 Mbp, lo que representa para un solo ordenador un trabajo de dos días en el proceso computacional.

El conjunto del genoma resultante mejora significativamente un borrador anterior basado solamente en lecturas cortas, tanto en términos de contigüidad (N50 1,2 Mbp) como en calidad estructural.

Para el proceso se ha utilizado un nuevo algoritmo diseñado específicamente para “grandes genomas eucariotas”. Esta combinación de secuenciación nanopore, añaden, es “asequible y de montaje ligero” y promete hacer accesible los recursos genómicos de alta calidad para no-modelos de plantas y animales.

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