A pesar de que España se sitúa entre uno de los principales productores de ecológico del mundo, los productos de la acuicultura no encuentran el mercado deseado.
Según datos de la Producción Ecológica en España en 2021 publicados por el Ministerio de Agricultura, Pesca y Alimentación (MAPA), la producción se situó en 2021 en las 4 891 toneladas, un 35% menos. El dato se contrapone al incremento producido en todas las producciones ecológicas terrestres y que pone de relieve que en cuestión el consumo de productos acuáticos sigue una tendencia diferente.
El mejillón ecológico es el producto con mayor volumen de producción, 2 806 toneladas procedente de 143 bateas de Galicia. Por otra parte, la producción de ostras fue de 10,8 toneladas.
La trucha arcoíris ecológica con 924,3 toneladas, repartidas en 606 toneladas en Castilla y La Mancha, y 318,3 toneladas en La Rija, Los esturiones con 278,4 toneladas, producidos en Andalucía, son únicas especies piscícolas producidas. Las plantas acuáticas con 872 toneladas son una parte emergente de la producción ecológica nacional.
El número de explotaciones acuícolas dedicadas a la producción ecológica también ha disminuido y actualmente se encuentra en 167, un 4% menos.