Manila clam (Ruditapes philippinarum)
Un consorcio europeo ha desarrollado una matriz SNP de doble especie para almeja japonesa (Ruditapes philippinarum) y almeja fina (Ruditapes decussatus), una herramienta genómica que abre la puerta para avanzar en la mejora, conservación y trazabilidad para dos de los bivalvos más relevantes para la acuicultura y el marisqueo.
El trabajo, publicado en la revista Aquaculture, ha sido desarrollado por investigadores de la Universidad de Padua (Italia), la Universidad de Santiago de Compostela (España), CIIMAR (Portugal), The Roslin Institute de la Universidad de Edimburgo (Reino Unido), el Technical University Institute of Brest–Morlaix (Francia), Benchmark Genetics (Noruega) y Thermo Fisher Scientific (EEUU).
La matriz SNP de 63K incorpora 49.392 marcadores para almeja japonesa y 14.193 para almeja fina. Su objetivo es proporcionar una plataforma común para estudios de genética de poblaciones, reconstrucción de parentesco, programas de mejora, seguimiento de diversidad genética y gestión de recursos silvestres.
La importancia del avance no reside solo en la tecnología, sino en el vacío que cubre. A diferencia de especies acuícolas más industrializadas, la producción europea de almejas sigue muy condicionada por la disponibilidad de semilla natural, la presión sobre poblaciones silvestres, las translocaciones y la dificultad para controlar con precisión el origen genético de los stocks.
En este contexto, disponer de una plataforma estandarizada de genotipado puede facilitar un cambio de escala: pasar de una gestión basada principalmente en el recurso disponible a una gestión genética más trazable, comparable y orientada a largo plazo.
La almeja japonesa, originaria del Indo-Pacífico e introducida en Europa en los años setenta, se ha expandido por su rápido crecimiento y mayor tolerancia ambiental.
La almeja fina, autóctona de zonas mediterráneas y atlánticas europeas, mantiene un elevado valor comercial, pero sus poblaciones han sufrido importantes retrocesos en las últimas décadas.
Qué aporta el nuevo chip SNP
Para desarrollar la matriz, los investigadores utilizaron recursos genómicos procedentes de poblaciones silvestres y de criadero de distintos países europeos.
El diseño combinó un nuevo genoma de referencia a nivel cromosómico para almeja japonesa con datos genómicos previos y nuevas secuencias en almeja fina.
Tras cribar más de 300 millones de variantes genéticas, el equipo seleccionó un conjunto de marcadores distribuidos por el genoma de ambas especies.
La validación posterior mostró un buen rendimiento de genotipado, con marcadores informativos, baja proporción de datos ausentes y cobertura genómica suficiente para aplicaciones de genética poblacional y programas de mejora.
El panel ofrece mayor resolución en almeja japonesa, por lo que puede resultar especialmente útil para análisis de alta resolución, como estudios de asociación genómica o predicción genómica, siempre que se desarrollen poblaciones de referencia adecuadas.
En almeja fina, la menor densidad lo orienta más hacia estudios de estructura poblacional, diversidad genética y aplicaciones de resolución media.
Uno de los resultados más relevantes desde el punto de vista aplicado es la capacidad del chip para reconstruir parentescos en almeja japonesa.
En sistemas de criadero y programas de mejora, esta función es clave para controlar la consanguinidad, organizar familias, mantener líneas trazables y diseñar esquemas de selección más eficaces.
De la genómica en peces a los moluscos
La participación de Benchmark Genetics aporta una lectura industrial al trabajo. La compañía ha intervenido en el diseño, análisis bioinformático y validación de la matriz, reforzando la idea de que herramientas genómicas habituales en especies más tecnificadas empiezan a trasladarse a moluscos de interés comercial.
Carolina Peñaloza, Head of Genotyping de Benchmark Genetics, subraya que este recurso abre nuevas posibilidades para acelerar la mejora genética y apoyar la conservación de poblaciones valiosas.
En moluscos, donde existen altos niveles de variabilidad genética, frecuentes problemas de genotipado y una gestión históricamente más dependiente de poblaciones naturales, contar con plataformas estandarizadas puede ser especialmente importante.
Una herramienta habilitadora, no una solución inmediata
El chip no ofrece mejoras inmediatas en producción, pero sirve como base para programas de selección, trazabilidad y conservación.
Puede aplicarse en criaderos, zonas productoras y programas públicos de gestión genética, y también podría ayudar a identificar stocks más resilientes frente al cambio climático si se desarrollan estudios adicionales.
Su verdadero valor dependerá de su adopción por el sector y de su capacidad para responder a retos concretos: seleccionar familias más productivas o resistentes, controlar la consanguinidad, diferenciar poblaciones y mejorar la trazabilidad de la semilla.
Más que una solución final, la matriz SNP es una herramienta habilitadora. Su impacto dependerá de que la información genética se traduzca en decisiones prácticas de manejo, selección y conservación.
Referencia científica
Gallo, M., Babbucci, M., Fernández Boo, S., Bean, T., Dalla Rovere, G., Smits, M., Peñaloza, C., Houston, R., Woolley, S., Cicala, F., Franch, R., Ferraresso, S., Nai, I., Patarnello, T., Omole, A. E., Blanco, A., Sambade, I., Martínez, P., Bargelloni, L., Milan, M. & Peruzza, L. (2026). A dual-clam species 63K SNP array for sustainable production and conservation of wild resources. Aquaculture, 625, 744323. https://doi.org/10.1016/j.aquaculture.2026.744323
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